L’École nationale des chartes est administrée par un directeur, assisté d’un conseil d'administration et d’un conseil scientifique.
Mme Michelle Bubenicek est directrice depuis le 1er septembre 2016.
Archiviste paléographe née en 1971, Michelle Bubenicek a intégré en 1990 l’École nationale des chartes ; elle en est sortie en 1994 major de promotion. Après une scolarité à l’École nationale du patrimoine, dans la spécialité « archives » (1994-1995), elle a débuté sa carrière professionnelle comme conservateur du patrimoine en administration centrale, chargée de coordonner la politique de conservation-restauration des documents d’archives au sein de la Direction des archives de France (1995-1999). En 1999, elle a été élue maître de conférences d’histoire médiévale à l’Université de Franche-Comté. Élue professeur d’histoire médiévale dans cette même université en 2011, elle y a dirigé le département d’histoire de 2011 à 2013.