L'École nationale des chartes publie sous forme imprimée et numérique cinq collections d’ouvrages :
- les Mémoires et documents de l'École des chartes, collection qui remonte à 1896 et qui accueille des monographies et des ouvrages collectifs d’envergure, au premier rang desquels des thèses d’anciens élèves de l’École des chartes
- les Études et rencontres de l'École des chartes, collection lancée en 1998, qui accueille avant tout les actes de journées d’études ou de rencontres scientifiques
- les Matériaux pour l'histoire, collection inaugurée en 1996 et constituée de volumes in-4° abondamment illustrés
- les Études et documents pour une Gallia Pontificia, collection coéditée par l'École nationale des chartes et l'Institut historique allemand de Paris depuis 2009 pour présenter les travaux réalisés dans le cadre de la Gallia Pontificia, entreprise scientifique qui se propose de recenser, publier et étudier les actes pontificaux concernant la France antérieurs à 1198
- Magister, collection qui propose des ouvrages de référence dans les domaines qui constituent le cœur des spécialités de l'École : ecdotique, archivistique, diplomatique, paléographie, codicologie, philologie, archéologie, histoire de l’art. Ces manuels, élaborés par les professeurs et enseignants-chercheurs de l’École, s’adressent aux étudiants ainsi qu’à tous ceux qui souhaitent s’initier à ces disciplines
À ces collections, s’ajoute une publication périodique liée à l’activité de formation de l’École des chartes :
- les Positions des thèses soutenues par les élèves pour obtenir le diplôme d'archiviste paléographe publiées annuellement par l'École des chartes depuis 1849 ; elles sont intégralement disponibles en ligne depuis 2000 et répertoriées depuis 1849.
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